De molecularisering van het wereldbeeld beschrijft in twee delen de opkomst en ontwikkeling van het molecuulbegrip in natuur- en levenswetenschappen tegen de achtergrond van het neo-atomisme van Epikouros en Lucretius. De opzet is ruim gekozen, ook de wiskunde en de (natuur)filosofie zijn immers in het geding. Dit eerste deel, dat in april 2003 verschijnt, beschrijft voor de betrokken wetenschappen in drie hoofdstukken de periode tot 1800. Daarna komen in afzonderlijke hoofdstukken de ontwikkelingen in de natuurkunde en scheikunde tussen circa 1800 en 1900 aan bod. Het molecuulbegrip blijkt een Nederlands product. Het werd uitgedacht door de Zeeuwse Isaac Beeckman (1588-1637). Zoals Lucretius de Epicurus romanus wordt genoemd, zo kan Beeckman betiteld worden als de Epicurus batavus. Beeckman ontwikkelde een discrete kijk op de natuur, waarin de molecuultheorie centraal stond, met een wiskunde op maat. Aan het eind van de achttiende eeuw is de molecuultheorie uitgegroeid tot molecularisme, een echte 'Theorie van alles'. De negentiende-eeuwse natuur- en scheikunde zijn dan ook principieel moleculair georiënteerd. Henk Kubbinga promoveerde en habiliteerde op de geschiedenis van de molecuultheorie aan de École des Hautes Études en Sciences Sociales te Parijs. Zijn boek, waarin ruime aandacht wordt besteed aan de vele Nederlandse bijdragen (onder andere Van Leeuwenhoek, Huygens, Van der Waals, Van 't Hoff, Beijerinck, Debye), is mede in verband met het Jaar van het Molecuul (2003) verschenen.
'De mechanisering van het wereldbeeld van Eduard Jan Dijksterhuis (1950) werd door Maarten 't Hart een groots boek genoemd, de vergelijking met Johan Huizinga's Herfsttij der Middeleeuwen (1919) waardig, maar dan over de geschiedenis van de natuurwetenschap. Zo zou men Henk Kubbinga's De molecularisering van het wereldbeeld een waardige opvolger van Dijksterhuis' klassieker kunnen noemen. Waar Dijksterhuis' werk ophield bij de natuurfilosofie in de 17de eeuw, meer bepaald bij de betekenis van Isaac Newton (1642-1727), gaat Kubbinga verder.' W.A. in: bi-logical 2 (2009) 1, p. 35
'De Groningse wetenschapshistoricus Henk Kubbinga toont pretentie door zijn boek over de opkomst en ontwikkeling van het molecuulbegrip De molecularisering van het wereldbeeld te noemen: alsof er een nieuwe Dijksterhuis is opgestaan. Die pretentie is terecht, zoals blijkt uit de lof die Kubbinga heeft geoogst voor het Franse proefschrift, waarvan dit de Nederlandse bewerking is.' In: Nederlands Dagblad 16-5-2003
'Kubbinga is er in geslaagd de lezer te informeren omtrent de historische ontwikkelingen die hebben geleid tot de natuurwetenschappelijke ontdekkingen in de twintigste eeuw.' Willem Vis in: NVOX (oktober 2005), p. 460.
Verder gesignaleerd in: Ambix 52 (2005) 1, p. 99, 101; Universiteitsblad UK, RU Groningen 34 (2003) 36; Nederlands Dagblad 10-6-2005; Recensiebank historischhuis.nl; Gewina 29 (2006) 2, p. 133-134.