Joop W. Koopmans was tot zijn pensionering in mei 2026 universitair hoofddocent Vroegmoderne Geschiedenis aan de Rijksuniversiteit Groningen. Zijn academische loopbaan begon ook aan deze universiteit, met een onderzoek naar de Staten van Holland in de decennia vóór en na het begin van de Opstand in 1572. Daarop promoveerde hij in 1990.
Vervolgens was hij tot 1999 verbonden aan zowel de hogeschool Windesheim in Zwolle (bij Journalistiek en Communicatie) als de Rijksuniversiteit Groningen (bij Geschiedenis); sindsdien alleen bij laatstgenoemde instelling. Hij verlegde zijn onderzoek in die tijd naar de geschiedenis van politiek en media in de vroegmoderne tijd. Koopmans publiceerde daarover een groot aantal artikelen, waarvan een deel werd gebundeld in Early modern media and the news in Europe: Perspectives from the Dutch angle (2018).
Na een aantal voorstudies verscheen in 2021 zijn monografie Het nieuws verbeeld: Oorlog en vrede in de titelprenten van de Europische Mercurius (1690-1750). Ook redigeerde hij diverse bundels, zowel alleen als in teamverband. De meest recente zijn Verzet en vrijheid: Het Gronings Ontzet van 1672 en de universiteit (2022) en Willem Lodewijk: Stadhouder en strateeg (1560-1620-2020) (2020). Hij is bovendien de auteur van twee edities van de Historical Dictionary of the Netherlands (2007 en 2016). Verder werkte hij als co-redacteur en auteur mee aan de Nieuwe Encyclopedie van Fryslân (2016).
Bestuurlijk was hij onder meer actief als voorzitter van de Stichting Jacob Campo Weyerman en de Vlaams-Nederlandse Vereniging voor Nieuwe Geschiedenis. Sinds 2020 is hij voorzitter van het Keninklik Frysk Genoatskip/Koninklijk Fries Genootschap (KFG), dat in 2027 twee eeuwen bestaat.
Momenteel draagt hij bij aan de voorbereiding van diverse jubileumactiviteiten, onder andere het project ‘200 Fryske froulju – 200 Friese vrouwen, 1827-2027’, dat in het KFG-jubileumjaar zal uitmonden in een boek en een website.